| 科室 | 复旦专科榜排名(年份) | 国家重点学科(年份) | 国家临床重点专科(年份) | 省重点专科(年份) | 市重点专科(年份) | 院优势专科 | 挂靠中心/实验室资质 |
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| 脑病科（神经内科） | 复旦未单列（中医专科榜未单列） | 国家中医药管理局重点学科（中医脑病学科） | 国家临床重点专科 / 国家中医药管理局重点专科 | 省级临床重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 国家中医脑病优势专科/区域诊疗中心 |
| 心血管病科 | 复旦未单列 | 国家中医药管理局重点学科（中医心病学科） | 国家临床重点专科 / 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科（专病） | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 脾胃病科（消化） | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科（专病） | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 肺病科（呼吸） | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级中医重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 国家中医肺病优势专科 |
| 肾病科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科（全国最早五家中医肾病重点专科之一） | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 中医肾病重点专科 |
| 肿瘤科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 肝病科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 乳腺病科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 妇科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 儿科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 针灸科 / 针灸康复 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科（含珠海院区） | 官方未统一披露 | 是 | 岭南陈氏针法（国家级非遗） |
| 重症医学科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家卫健委临床重点专科（国家中医药管理局重点专科） | 省级临床重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 中医院系统最早大型综合 ICU 之一 |
| 骨伤科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 皮肤科 | 复旦未单列 | 国家中医药管理局重点学科（中医皮肤病学科） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级中医皮肤病重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 耳鼻喉科 | 复旦未单列 | 国家中医药管理局重点学科（中医耳鼻喉科学） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
| 急诊科（中医急症） | 复旦未单列 | 国家中医药管理局重点学科（中医急诊学科） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 急性心肌梗死绿色通道（介入水平居中医系统领先） |
| 外科 | 复旦未单列 | 否（官方未列入国家局重点学科清单） | 国家中医药管理局重点专科 | 省级重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 无统一披露 |
口径说明：①本院「国家重点学科」实际为国家中医药管理局重点学科（11 个），非教育部二级学科国家重点学科，相关列据实标注。②「国家临床重点专科 6 个」为国家卫生健康委临床重点专科；另有国家中医药管理局重点专科 23 个，本表列示其中主要科室，逐科批复年份官方未统一披露。③省/市重点专科具体批次年份官方未统一披露，均标注「官方未统一披露」。④复旦专科声誉榜以西医专科评价为主，本院中医专科未单列进入前十，名次以复旦版当年发布为准。
